Shopify מציעה API פתוח שאלפי שירותים מתממשקים אליו. ניתן לחבר דרך: אפליקציה מ-Shopify App Store (קל), webhook ישיר (לטכנאי), או custom app (מתקדם). חיוני להגדיר scopes (הרשאות) מוקפדות — לא לתת access מלא לאפליקציה שצריכה רק לקרוא הזמנות.

בישראל אינטגרציות נפוצות: פריוריטי (ERP), רווחית (Hashbon Shanim), HFD/דואר ישראל (משלוחים), iCount (חשבוניות), Klaviyo (שיווק). שווה לעבוד עם שותף שופיפיי ישראלי כדי לוודא שכל האינטגרציות עובדות יחד.