כאשר מסירים אפליקציה מ-Shopify Admin, מספר דברים קורים בו-זמנית: ה-access token שניתן לאפליקציה בזרימת ה-OAuth מתבטל מיידית, כל ה-Webhooks שנרשמו על שמה נמחקים, ו-Theme app extensions שהיו פעילות מוסתרות מהתבנית. עם זאת, נתונים שהאפליקציה כתבה לחנות — Metafields, תגיות, מחירי מוצרים ששונו — נשארים ויש לנקות אותם ידנית אם צריך.
בחנות ישראלית, לפני הסרת אפליקציה כדאי לתעד שלושה דברים: אילו Metafields היא יצרה (ניתן לראות ב-Settings → Custom data), האם היא כתבה סקריפטים ישנים ל-`theme.liquid` שצריך להסיר ידנית, ואם היא שלחה נתוני הזמנות למערכות חיצוניות (חשבוניות, שליחויות) — לוודא שהצינור לא נשבר ושיש פתרון חלופי לפני שמנתקים.