Shopify מספקת עשרות דוחות מוכנים מראש המאורגנים בקטגוריות: Sales (מכירות), Customers (לקוחות), Inventory (מלאי), Finances (כספים), Marketing (שיווק) ו-Acquisition (רכישת לקוחות). בתוכניות Advanced ו-Plus ניתן גם לבנות דוחות מותאמים אישית — לבחור מימדים ומדדים, להוסיף פילטרים ולשמור תצוגה. הנתונים בדוחות מתעדכנים לרוב כל מספר שעות ולא בזמן אמת.
בחנות ישראלית כדאי לשים לב שדוחות הכספים (Finances) מציגים ערכים במטבע החנות — כלומר בשקל אם כך הוגדר — אך דוחות רב-מטבע עלולים לערבב המרות. לצורכי דיווח לרשות המסים ולרואה חשבון, הדוחות של Shopify הם נקודת פתיחה טובה אך אינם תחליף לתוכנת הנהלת חשבונות ישראלית שמייצאת חשבוניות ומסמכי חשבוניות עסקה כנדרש.