בלוח האבטחה של חשבון שופיפיי אפשר להפעיל Two-step authentication (אימות דו-שלבי) באמצעות אפליקציית authenticator, SMS, או מפתח פיזי (hardware security key). בנוסף רואים שם את כל המכשירים שמחוברים כרגע לחשבון ואפשר לבטל גישה ממכשיר ספציפי — שימושי כשעובד לשעבר עדיין מחובר.
בחנות ישראלית שיש לה מספר אנשי צוות, מומלץ לא לשתף סיסמה אחת לכולם — אלא לתת לכל עובד חשבון Staff נפרד עם הרשאות מותאמות. הגדרות ה-Security האלה הן ברמת חשבון הבעלים בלבד; אבטחת חשבונות הצוות מנוהלת בנפרד תחת Users & Permissions בהגדרות החנות.