המפתח מתחבר ב-USB או NFC, ובכניסה ל-Admin הסוחר נדרש לגעת בו כדי לאשר. זה האמצעי הבטוח ביותר ל-2FA כי הוא חסין phishing — האתר חייב להיות הדומיין האמיתי של Shopify כדי שהמפתח יחתום. מתאים במיוחד לחנויות עם מחזורים גדולים, לבעלי הרשאות עליונות ולמנהלי אפליקציות.

בישראל זה רלוונטי במיוחד לסוחרים שחוו ניסיון פריצה — Shopify מאפשרת לדרוש 2FA מבוסס מפתח על כל הצוות, וזה גם תואם לאסדרת אבטחת מידע של תיקון 13 לחוק הגנת הפרטיות.