Shopify ID הוא מנגנון ה-Single Sign-On (SSO) של שופיפיי — במקום שם משתמש וסיסמה נפרדים לכל חנות, חשבון אחד מעניק גישה לכל הנכסים המשויכים לאותו אימייל: חנויות, חשבון פרטנר, Shopify Balance, ו-Shopify Capital. פעולת ה-Set up Shopify ID מופעלת בפעם הראשונה שמתחברים לאחר שהמעבר ל-SSO הפך לחובה, ומחייבת אימות זהות (קוד SMS או אפליקציית אימות).
לפני שלוחצים על Set up Shopify ID חשוב לעבור על רשימת החנויות והשירותים שמוצגת — אם אותו אימייל שימש לחנויות של לקוחות שונים (מצב נפוץ אצל פרילנסרים ישראלים שפתחו חנות ללקוח עם מייל עבודה אישי) — האיחוד יקשר את כולן לחשבון אחד ועלול ליצור בעיות הרשאה. הפתרון הנכון הוא להחליף את אימייל הבעלים בחנות הלקוח לפני האיחוד.