ב-Shopify הגדרת אמצעי תשלום מתבצעת בשני מישורים: באונליין דרך Shopify Payments או ספק סליקה חיצוני שמחובר דרך Admin → Payments, ובנקודת מכירה פיזית (POS) דרך הגדרת קורא כרטיסים ושיטות תשלום ידניות. בכל מקרה, עד שלא מוגדר אמצעי תשלום פעיל ובדוק, הקופה אינה מוכנה לקבל לקוחות — גם אם הקטלוג והמלאי מוכנים לגמרי.
בישראל, שופיפיי לא תומכת ב-Shopify Payments כרגע, כך שכל חנות ישראלית חייבת לחבר ספק סליקה חיצוני — פאי (PAY), טרנזילה, קארדקום, גרין-אינווייס ועוד. חשוב לבדוק שספק הסליקה תומך בשקל (ILS), בתשלומים (תשלומים חודשיים), ובאסימוני 3DS הנדרשים לתשלומים מאובטחים בישראל — ולא רק להתחבר ולהניח שהכל עובד.