ב-Shopify ניתן לרכוש ולהדפיס תוויות משלוח מתוך מסך ה-Orders ישירות מול ספקי משלוח מחוברים. כל תווית שנרכשת נגבית מחשבון החנות כחיוב נפרד על גבי דמי המנוי הרגילים. התוויות כוללות ברקוד מעקב שמתעדכן אוטומטית בעמוד הסטטוס של הלקוח ובדוא"ל האישור, וחוסכות את הצורך להיכנס לממשק חיצוני של חברת השליחויות.
בישראל, שילוב תוויות משלוח ישירות מ-Shopify תלוי בחיבור של ספק משלוח מקומי (כמו חברת דואר ישראל, FedEx ישראל, או אחרים) דרך אפליקציה ייעודית, מכיוון שהתמיכה המובנית בתוויות מוגבלת לספקים כמו USPS ו-DHL שאינם מרכזיים בשוק הישראלי. רוב החנויות הישראליות עובדות עם אפליקציית צד שלישי שמחוברת לספק המקומי ומייצרת תוויות בפורמט המתאים.