אפליקציית Shop של שופיפיי מאחסנת את פרטי התשלום והמשלוח של הלקוח, ומאפשרת לו להשלים רכישה בכמה הקשות בלי להזין מחדש פרטים. כשלקוח מתחיל תהליך קנייה דרך Shop app, ה-Checkout מתבצע בתוך הסביבה הסגורה של האפליקציה — לא בדפדפן הרגיל. זה אומר שפיקסלים, scripts ו-Checkout extensions שמותקנות בחנות עשויות להתנהג אחרת, ולעיתים לא להתרנדר כלל.
נקודה קריטית לאוטומציות שיווק: נטישה שהתרחשה בתוך Shop app checkout לא מפעילה את אימייל הקופה הנטושה הסטנדרטי של שופיפיי, וגם לא את רוב הזרימות ב-Klaviyo ו-Omnisend שמסתמכות על אירוע `checkouts/create` רגיל. אם הנתונים מראים ירידה בהשוואה לצפוי, כדאי לבדוק איזה חלק מהלקוחות מגיעים דרך Shop app ולבנות אוטומציה ייעודית לפלח הזה.