ממשק הניהול של Shopify נגיש בכתובת `[your-store].myshopify.com/admin` ומאורגן לפי אזורי עבודה: Orders (הזמנות), Products (מוצרים), Customers (לקוחות), Analytics (דוחות), Marketing (שיווק), Discounts (הנחות), Sales channels (ערוצי מכירה) ו-Settings (הגדרות). בחלק העליון יש שורת חיפוש גלובלית שמאפשרת לקפוץ ישירות להזמנה, מוצר או לקוח לפי מספר או שם — אחד הכלים המהירים ביותר לעבודה יומיומית.
בחנות ישראלית כדאי לוודא שממשק הניהול מוגדר לעברית (Settings → General → Language) ושאזור הזמן מוגדר ל-Asia/Jerusalem — אחרת דוחות מכירות יוצגו בשעות לא נכונות והתראות הזמנות יגיעו בתזמון מוטעה. גישה לאדמין ניתנת לצוות בהרשאות מדורגות דרך Settings → Users, ומומלץ לא לחלוק סיסמה ראשית אלא להוסיף כל איש צוות עם role מוגדר.