אפליקציות Shopify מתחלקות לשלוש קטגוריות עיקריות: Public apps שעוברות סקירה ומופיעות ב-Shopify App Store, Custom apps שנבנות לחנות אחת ספציפית ומותקנות ישירות מה-Admin, ו-Private apps (שהוחלפו ב-Custom apps החל מ-2022). כולן מתחברות לחנות דרך OAuth ומקבלות access token עם scopes שהסוחר אישר. אפליקציות שרצות ב-Admin מוטמעות כ-iframe ומתקשרות עם הממשק דרך App Bridge.
בהקשר של שפות, אפליקציית המובייל של שופיפיי (לניהול החנות) קובעת את שפת הממשק לפי הגדרות שפת המכשיר — לא לפי שפת האדמין בדפדפן. כלומר סוחר שמכשירו מוגדר לאנגלית יראה את האפליקציה באנגלית גם אם האדמין שלו בעברית. זה רלוונטי במיוחד לצוותים ישראליים שמנהלים חנות ממכשירים מרובים עם הגדרות שפה שונות.