אפליקציה custom מוקמת ב-Settings → Apps → Develop apps. הסוחר מגדיר הרשאות (אילו scopes ה-app יקבל), ומקבל API tokens. המפתח כותב את האפליקציה לפי REST או GraphQL API של Shopify. מתאים לאינטגרציה עם מערכות פנימיות (CRM, ERP, מערכת לוגיסטיקה).
בישראל זה כלי חזק לסוחרים עם דרישות מקומיות ייחודיות — אינטגרציה עם פריוריטי, יעד, או דואר ישראל בלי לחפש אפליקציה צד-שלישי. שווה לוודא: API token מאוחסן ב-environment variables בטוחים, ולא בקוד open-source.