כשפעיל 2FA מבוסס Authenticator (Google Authenticator, Authy), הסוחר יכול להגדיר Shopify mobile כ-backup. אם הוא איבד את הטלפון עם ה-Authenticator, או שהאפליקציה נמחקה — הוא יכול לאשר דרך אפליקציית Shopify על מכשיר אחר.

בישראל זה רלוונטי במיוחד לסוחרים שיש להם כמה מכשירים — הטלפון הראשי בארץ, טאבלט בחו"ל. backup method מבטיח שלא נחסמים מהחשבון אם משהו קורה למכשיר הראשי.