חשבון Partner מעניק גישה ל-Partner Dashboard — לוח בקרה נפרד מ-Admin הרגיל — שדרכו ניתן לפתוח חנויות פיתוח (development stores) בחינם, לנהל לקוחות מרובים, לפרסם אפליקציות ב-Shopify App Store ולהגיש תבניות ל-Theme Store. Partners שמפנים לקוחות חדשים מקבלים עמלת הפניה חוזרת כל עוד הלקוח פעיל.
בשוק הישראלי תוכנית השותפים היא הדרך המקצועית להתמחות בשופיפיי כעסק: סוכנויות בונות חנויות, מפתחים כותבים אפליקציות בעברית ומשלבים ספקי סליקה מקומיים, ויועצים מלווים עסקים במעבר מפלטפורמות אחרות. חשבון Partner נפרד גם מגן על הלקוח — הוא הבעלים של החנות שלו, והשותף עובד בתוכה בהרשאה, לא להיפך.