כאשר לקוח מכחיש עסקה (chargeback) בטענת הונאה או עסקה לא מזוהה, הסוחר בדרך כלל מפסיד גם את סכום ההזמנה וגם את דמי ה-chargeback. Shopify Protect עוקף את זה עבור הזמנות זכאיות שנסגרו דרך Shop Pay — Shopify לוקחת על עצמה את ההפסד, מגישה את ההתנגדות לחברת האשראי, ומשאירה את הכסף בחשבון הסוחר. הזכאות נקבעת אוטומטית לפי קריטריוני הסיכון של Shopify ומסומנת בממשק ההזמנות.
נכון לכתיבת שורות אלה, Shopify Protect זמין בעיקר לחנויות שפועלות עם Shopify Payments — שירות שאינו פעיל כברירת מחדל בישראל. סוחרים ישראלים שעובדים עם ספקי סליקה מקומיים (כגון פאי, קארדקום או היפר) אינם נהנים מהגנה זו, ולכן ניהול סיכוני הונאה מוטל עליהם ועל ספק הסליקה שלהם.