הטקסונומיה בנויה כעץ היררכי עם אלפי קטגוריות — מהכללי ("ביגוד ואביזרים") ועד לספציפי ("נעלי ריצה לגברים"). כאשר מגדירים Product category למוצר, Shopify פותחת אוטומטית את ה-Category metafields הרלוונטיים לאותה קטגוריה — שדות סטנדרטיים כמו חומר, צבע, מידה ומין שמוגדרים מראש ומוכרים לערוצים חיצוניים כמו Google Shopping ו-Meta Catalog.
בחנות ישראלית הטקסונומיה רלוונטית במיוחד בשני הקשרים: ראשית, ב-Shopify Tax — אם ישתמשו בו בישראל — הקטגוריה קובעת שיעור מס שונה לקטגוריות פטורות כמו מזון בסיסי. שנית, בסנכרון מוצרים לגוגל שופינג דרך Google & YouTube App, קטגוריה לא מוגדרת גורמת לדחיית מוצרים. כדאי להקצות קטגוריה לכל SKU פעיל לפני שמשיקים ערוץ פרסום.