תמיכת Shopify מטפלת בבעיות טכניות, חיובים, חסימות חשבון, בעיות תשלום, ושאלות על פוליסות פלטפורמה. הפנייה עוברת דרך help.shopify.com או ישירות מתוך ה-Admin → Help. לפני פנייה, הסוחר מוזמן לתאר את הבעיה ו-Shopify מציגה מאמרים אוטומטיים; רק אם הם לא עוזרים ניתן לפתוח קריאה עם נציג. זמן התגובה ורמת התמיכה תלויים בפלאן — Shopify Plus מקבל priority support ומנהל חשבון ייעודי.
פנייה לתמיכה שופיפיי דורשת הכנה: חשוב לדעת באיזה חשבון (Partner account, store Admin, או Shopify Plus org) נמצאים לפני שלוחצים פתיחת קריאה, כי פנייה מהחשבון הלא נכון תגרום לעיכוב. בנוסף, תמיכת Shopify לא מגיבה לבעיות בקוד מותאם אישית, אפליקציות צד שלישי, או תבניות שנערכו ידנית — על אלה אחראי המפתח או ספק האפליקציה.