SSO ב-Shopify מאפשר לאדמין אחד לעבור בין חנויות שונות (למשל B2C ו-B2B נפרדות, או חנויות בשפות שונות) בלי להתנתק ולהתחבר מחדש. כל חנות שומרת על עצמאות מלאה — קטלוג נפרד, הזמנות נפרדות, חיוב נפרד לשופיפיי — הקישור הוא ברמת זהות המשתמש בלבד. ההגדרה נעשית דרך Shopify Organization Admin, שמרכז גישה, משתמשים והרשאות בין חנויות.
בהקשר של חנויות ישראליות, SSO רלוונטי במיוחד לרשתות שמפעילות חנות ישראלית לצד חנות בינלאומית, או לסוחרים שמפרידים בין B2C ל-B2B בשתי חנויות שופיפיי נפרדות. חשוב להבין שה-SSO לא מסנכרן מלאי, לקוחות או קופונים — כל חנות עדיין מנוהלת בנפרד, ורק חלון הכניסה משותף.