בכל וריאציה של מוצר ב-Shopify אפשר לשמור ערך ברקוד — בדרך כלל בפורמט EAN-13 (הנפוץ בישראל ואירופה), UPC-A (אמריקאי) או QR. הערך הזה משמש לזיהוי המוצר בנקודת המכירה (POS), בסריקת מלאי, ובחיפוש מהיר באפליקציית Shopify במובייל. כשסורקים ברקוד דרך מצלמת המכשיר, האדמין מחפש אוטומטית את הוריאציה התואמת ומציג אותה.
בחנויות ישראליות שמוכרות גם פיזית (POS) הברקוד הוא הגשר בין המלאי הדיגיטלי לנקודת המכירה — בלי ברקוד תקין על כל וריאציה, קופאי לא יכול לסרוק מוצר ויאלץ לחפש ידנית. כשמייבאים קטלוג מספק ישראלי דרך CSV, כדאי לוודא שעמודת ה-Barcode מכילה EAN תקין ולא מק"ט פנימי, אחרת יצטבר חוסר עקביות בין הקטלוג הדיגיטלי לקוד הסורק.