תשלום מפוצל זמין בנקודות מכירה פיזיות (Shopify POS) ומאפשר לפצל כל סכום שרוצים בין שתי שיטות תשלום או יותר — שילוב של מזומן, כרטיס אשראי, זיכוי חנות (Store credit), או שיטת תשלום ידנית (Manual payment). הקופאי מגדיר כמה הלקוח משלם בכל שיטה, ו-Shopify עוקבת אחרי כל חלק בנפרד בתוך ההזמנה.
בחנויות ישראליות עם נקודת מכירה פיזית, תשלום מפוצל שימושי במיוחד כשלקוח משלם חלק בתווי קנייה, חלק בכרטיס, או כשחלק מהסכום מכוסה על ידי זיכוי חנות ממוצר שהוחזר. חשוב לוודא שמערכת הנהלת החשבונות המקומית (חשבשבת, פריוריטי) מכירה ברישומי התשלום המפוצל ולא מציגה אותם כשתי הזמנות נפרדות.