כאשר לקוח משלם בשיטת תשלום ידני, Shopify לא מעבדת את הכסף — היא רק יוצרת הזמנה עם סטטוס 'ממתין לתשלום' ומשאירה לסוחר את האחריות לאשר שהתשלום אכן התקבל ולסמן את ההזמנה כשולמה ידנית. שיטות אלה מוגדרות ב-Settings → Payments → Manual payment methods, ואפשר להוסיף שם שם מותאם ואפילו הוראות מפורטות ללקוח (למשל מספר חשבון בנק להעברה).
בחנויות ישראליות תשלום ידני הוא נפוץ מאוד: העברה בנקאית ו-Bit הן שיטות תשלום מקובלות שאין להן אינטגרציה ישירה לסליקה אוטומטית. חשוב להגדיר תהליך ברור לאישור ידני של הזמנות כאלה ולא לשלוח מלאי לפני אישור — Shopify לא מגנה עליכם מהזמנות שלא שולמו בפועל כאשר השיטה היא ידנית.