המלאי מנוהל ברמת ה-variant (לא ה-product) וב-per-location. לדוגמה: חולצה במידה M יכולה להיות 5 במחסן ראשי, 3 בחנות פיזית, 0 בחנות שכרת. ב-checkout המערכת מציגה את המלאי המאוחד, ובמהלך ה-order routing מחליטה מאיפה לשלוח.

בישראל קריטי לסנכרן את המלאי בין Shopify לבין מערכת ERP (פריוריטי, רווחית) — אחרת יש מצב ש-Shopify מוכרת מוצר שאזל. ההמלצה: לעדכן מלאי כל שעה לפחות (דרך אינטגרציה או webhook), ולהגדיר 'continue selling when out of stock' רק למוצרים שיש להם משלוח מתוכנן.