כל store מוגדרת על ידי domain ייחודי (לדוגמה yourstore.myshopify.com או custom), צוות (staff users), קטלוג מוצרים, ערוצי מכירה, והגדרות (מטבע, אזור זמן, מע"ם, משלוח). כל הפעולות מתבצעות בתוך הסטור הזה — שום דבר לא משתף בין סטורים שונים אלא אם הם תחת Shopify Plus עם multi-store.

בישראל סוחר שמפעיל כמה מותגים יכול: לפתוח כמה סטורים נפרדים (כל אחד עם subscription משלו), או לעבור ל-Plus עם multi-store (עד 9 חנויות באותו account). שווה לחשב TCO.