כל חנות פעילה על Shopify משויכת לתוכנית מנוי (Basic, Shopify, Advanced, Plus) שקובעת את עמלת העסקאות, מספר חשבונות הצוות, יכולות הרפורטינג וגישה לפיצ'רים כמו B2B או Checkout extensions. החיוב מתבצע אוטומטית בתאריך המחזור ומחושב לפי המטבע שנבחר בהגדרות החשבון — בדרך כלל דולר אמריקאי, גם לחנויות בישראל.
בחנות ישראלית חשוב להכיר שני ניואנסים: ראשית, מעבר לתוכנית גבוהה יותר באמצע מחזור גורם לחיוב יחסי (prorated) ולא לחיוב מלא כפול. שנית, תשלום שנתי מראש מעניק הנחה משמעותית (בדרך כלל 25%), אך אם מבטלים את החנות לפני תום השנה, Shopify לא מחזירה את היתרה — לכן כדאי לוודא את כיוון העסק לפני מעבר לתוכנית שנתית.