Shopify מציעה מנגנון Recovery עבור סוחרים שאיבדו גישה: דרך email recovery, מסמכי אימות (תעודה מזהה, חשבונית), או פנייה ל-support. התהליך לוקח 1-3 ימי עסקים. אם החנות נפרצה — Shopify יכולה להקפיא את החשבון ולהחזיר רק לבעלים המאומת.
בישראל זה רלוונטי במקרי פריצה — לשמור צילומי מסך של דף ההפעלה הראשונה, חשבונית של רכישת domain, ופרטי עוסק מורשה. אלה ראיות שיעזרו לשחזר חשבון מהר.