חשבון שופיפיי אינו זהה לחנות ספציפית — הוא שכבת הזהות שמעליה. אדם אחד יכול להיות בעלים של מספר חנויות, חבר בארגון (Organization) אחד או יותר, ובו-זמנית מוזמן כמשתמש לחנויות של אחרים — כל אלה תחת אותו חשבון יחיד. הכניסה נעשית דרך Shopify ID (בעבר: login.shopify.com) ומשם ה-Admin מפנה לחנות הרצויה.
מבחינת אבטחה, חשוב להפעיל אימות דו-שלבי (2FA) ישירות על חשבון שופיפיי ולא רק על החנות. אם בעל החנות מעביר בעלות, מוסיף שותף, או מורה לסוכנות ישראלית לגשת לחנות — הכל מתנהל דרך הרשאות מרמת החשבון. איבוד גישה לאימייל הראשי של החשבון שקול לאיבוד הבעלות על כל החנויות המחוברות אליו.