כשחשבון Shopify אחד מקושר ליותר מחנות אחת — בין אם כבעלים, אדמין, או חבר צוות עם הרשאות — מחליף החנויות מופיע בפינת האדמין ומאפשר ניווט ישיר בלי לצאת ולהתחבר מחדש. לכל חנות הרשאות נפרדות, כך שאדם שמוגדר כ-Staff בחנות A ו-Admin בחנות B יראה ממשקים שונים בכל מעבר.
בפועל, מחליף החנויות שימושי במיוחד לסוכנויות שמנהלות חנויות ישראליות מרובות ללקוחות שונים, לבעלי כמה מותגים על אותו תיק, ולכל מי שמחזיק חנות פעילה לצד חנות פיתוח (Development store). כדאי לשמור על שמות חנויות ברורים וייחודיים בהגדרות — כדי שבמחליף החנויות יהיה קל לזהות בשנייה לאיזו סביבה אתם נכנסים.