כאשר פותחים חנות Shopify, מטבע החיוב נקבע לפי מדינת ההרשמה ושיטת התשלום שהוגדרה. החלפת מטבע חיוב מתבצעת דרך Shopify Admin תחת הגדרות החיוב — בוחרים מטבע חדש בחלון הייעודי, ומאותו רגע כל חשבוניות המנוי, עמלות האפליקציות ועמלות התשלום יחושבו במטבע החדש. שינוי המטבע לא משנה את מחירי המוצרים בחנות עצמה ולא את המטבע שבו הלקוחות מבצעים רכישות.
בחנויות ישראליות שמשלמות על Shopify בדולרים ($) כדאי לשקול מעבר לשקל (₪) אם Shopify תומכת בזה עבור ישראל — זה יכול לחסוך עמלות המרה של כרטיס האשראי ולפשט את הנהלת החשבונות. לפני ההחלפה, מומלץ לוודא שכרטיס האשראי או ה-PayPal המוגדר לחיוב אכן תומך במטבע החדש, כדי למנוע כשל חיוב שמוביל להקפאת החנות.