כל תוכנית מנוי ב-Shopify מגדירה חבילה שונה של הרשאות ויכולות: מספר חשבונות צוות, עמלת עסקה על כל מכירה, גישה לדוחות מתקדמים, מספר מיקומי מלאי, תמחור B2B, ועוד. ה-Basic plan מתאים לחנויות קטנות שמתחילות, בעוד Advanced ו-Plus מיועדות לחנויות בנפח גבוה שצריכות עמלות עסקה נמוכות ויכולות אוטומציה מתקדמות.
בהקשר של שכפול חנות Shopify, חשוב שהחנות החדשה תהיה על אותה תוכנית מנוי כמו המקורית — כי תכונות מסוימות (כמו scripts מתקדמים, תמחור מותאם או Checkout extensions) פשוט לא קיימות ברמת מנוי נמוכה יותר, ואז ההגדרות המשוכפלות לא יעבדו כצפוי. בחנויות ישראליות שמשדרגות תוכנית כדאי לחשב את החיסכון בעמלות עסקה מול עלות המנוי החודשי הגבוה יותר.