בממשק האדמין של שופיפיי, Taxes and duties נמצא תחת Settings ומכיל שלוש שכבות הגדרה: הגדרות מע"מ לפי מדינה/אזור (כולל חישוב אוטומטי לשוקים כמו האיחוד האירופי), האם המחיר שמוצג בחנות כבר כולל מס (Prices include tax) או שהמס מתווסף בקופה, וחישוב duties (מכסים) לייבוא בינלאומי במסגרת Shopify Markets.
בחנות ישראלית ההגדרה הקריטית היא לסמן את ישראל כשוק ביתי ולהגדיר שמחירי המוצרים כוללים מע"מ 18% — כי בישראל הצרכן מצפה לראות מחיר סופי. אם לא מגדירים זאת נכון, שופיפיי תוסיף מע"מ מעל המחיר שהוגדר, ולקוחות יראו מחיר גבוה מהמצופה בקופה — מה שגורם לנטישת עגלות.