רוב האפליקציות בחנות האפליקציות של Shopify (שופיפיי) נכתבות על ידי מפתחי צד שלישי — סטארטאפים, סוכנויות ופרילנסרים — שמשתמשים ב-API הציבורי של Shopify לבניית כלים, אינטגרציות ותבניות. Shopify עצמה מספקת את התשתית, את ה-API ואת סטנדרטי הסקירה (Built for Shopify), אבל היא אינה אחראית לאיכות הקוד, לאבטחה, לתמיכה, או להמשכיות הפעילות של אפליקציות אלה.
בחנות ישראלית הדבר מקבל משנה תוקף: כשאפליקציה גורמת לבעיה — חיוב כפול, עיכוב הזמנות, שבירת תצוגת RTL — פנייה לתמיכה של Shopify לא תפתור את הבעיה, כי Shopify אין גישה לקוד של האפליקציה. הפנייה הנכונה היא ישירות למפתח האפליקציה דרך לחצן ה-"Get support" בעמוד האפליקציה ב-App Store. לכן לפני התקנת אפליקציה כדאי לבדוק את איכות התמיכה שמציע המפתח.