במקום אפליקציה חיצונית (Google Authenticator), Shopify משתמשת ב-WebAuthn/FIDO2 כדי לתקשר עם ה-OS. הסוחר מאשר כניסה עם Touch ID או Face ID. שיטה זו נחשבת לבטוחה ביותר — chip מאובטח, חסין phishing, ופחות נוח לפריצה.
בישראל זה זמין למכשירים מודרניים (iPhone XS+ עם Face ID, MacBook עם Touch ID). ההמלצה: לעבור לזה מ-SMS. גם להגדיר backup method (Shopify mobile push, או recovery codes) למקרה שהמכשיר נופל.