הסרת האפליקציה מהמכשיר לבדה אינה מנתקת את המכשיר מהחנות ב-Shopify — צריך קודם לצאת מהחשבון בתוך האפליקציה ולבטל את שיוך המכשיר תחת Shopify Admin ← POS ← Devices, ורק אחר כך למחוק את האפליקציה. דילוג על שלב הניתוק משאיר את המכשיר כ"פעיל" ברשומות החנות ועלול לגרום לבעיות הרשאה לעובד הבא שינסה להתחבר.
בחנויות ישראליות עם מספר מיקומים (סניפים) חשוב לוודא שהמכשיר המוסר משויך למיקום הנכון לפני הניתוק, כדי שהמלאי ונתוני המכירות של אותו מיקום יישארו תקינים. אם משתמשים בחומרה של Shopify (קורא כרטיסים, מגירת קופה) — יש לנתק גם את הציוד הפיזי בנפרד מתוך הגדרות ה-POS לפני ההסרה.