את מדריך השדרוג פותחים מתוך `Settings` → `Checkout` → `Configurations`. כשקיים שדרוג ממתין (למשל מעבר ל-Checkout Extensibility או לעמוד תודה חדש), שופיפיי מציגה שם כפתור Upgrade guide שמוביל לדוח המותאם לחנות. הדוח מחלק את ההתאמות לארבע קבוצות: אפליקציות תואמות (שתועברנה אוטומטית), אפליקציות שאינן תואמות (שידרשו פעולה), Additional scripts (קוד ישן שחייב להיות ממוקם מחדש), ו-`checkout.liquid` עבור חנויות Shopify Plus.
בחנות ישראלית שיש בה תגי פיקסל, סקריפטים של פרייסינג מותאם, או שדות משלוח ייחודיים — כדאי לפתוח את מדריך השדרוג לפחות שבועיים לפני מועד הדד-ליין של Shopify, ולרוץ על כל שורה. Additional scripts שמכילים לוגיקת מע"מ ישראלי, קוד ניתוח של צ׳קאאוט בעברית, או גוגל טאג׳ מנג׳ר — כולם דורשים מיגרציה ידנית לאפליקציית Pixels או ל-Checkout extensions לפני שה-Upgrade מופעל.