כל פעולה משמעותית שמבצע משתמש בעל גישה ל-Shopify Admin נרשמת ביומן: עריכת מוצר, שינוי הגדרות משלוח, מחיקת הנחה, עדכון מחיר, וכו׳. הלוגים כוללים את זהות המשתמש שביצע את הפעולה, חותמת זמן מדויקת, וסוג האירוע. ניתן לייצא אותם כ-CSV לצורך ביקורת פנימית, חקירת אירוע חשוד, או הכנה לביקורת אבטחה חיצונית.
בחנות ישראלית עם מספר עובדים שיש להם גישה לאדמין — נציגי שירות, מנהלי תוכן, מחסנאים — יומני הפעילות הם כלי קריטי לזיהוי שגיאות אנוש ולמניעת שינויים לא מורשים. כדאי לסקור אותם באופן סדיר, במיוחד לפני ואחרי מבצעים גדולים כמו בלאק פריידי, ולוודא שהרשאות הגישה של כל משתמש מוגבלות רק למה שנחוץ לתפקידו.