כל לקוח שנרשם לחנות Shopify מקבל User ID מספרי קבוע — הוא לא משתנה גם אם הלקוח מעדכן כתובת מייל, שם או פרטי כרטיס אשראי. המזהה הזה מופיע בשורת ה-URL של האדמין בפורמט `admin.shopify.com/store/[handle]/customers/[ID]`, ומשמש כמפתח ראשי לשילוב בין Shopify לבין מערכות חיצוניות כמו CRM, ERP, ופלטפורמות שיווק.
בייצוא CSV של לקוחות מ-Shopify עמודת ה-`ID` מכילה את ה-User ID. כשמייבאים נתוני לקוחות ממערכת חיצונית חזרה לשופיפיי, חשוב לשמור את ה-ID המקורי כ-metafield כדי לשמור על הקישור בין הרשומות — במיוחד במקרה של מיגרציה מפלטפורמה אחרת, שבה לכל לקוח עלול להיות ID שונה בכל מערכת.