Shopify מפעילה תהליך אימות זהות כחלק מהתחייבויות ה-KYC (Know Your Customer) הנדרשות מספקי שירותי תשלום ורגולציה פיננסית. בפועל מדובר בחלון שמופיע ב-Admin ובו הסוחר מתבקש לאשר שם, כתובת וצרוף מסמך מזהה. לאחר לחיצה על Agree and continue (הסכמה והמשך) Shopify מעבירה את הפרטים לסקירה, לעיתים אוטומטית ולעיתים ידנית.
בחנויות ישראליות תהליך זה עולה לרוב כאשר מפעילים Shopify Payments (שאינו זמין בישראל נכון לכתיבת שורות אלה) או כאשר עוברים סף מכירות שמחייב בדיקת ציות. אם החנות משתמשת בספק סליקה חיצוני כמו פאי או טרנזילה, האימות הנדרש הוא של הספק עצמו ולא של Shopify — ולכן החלון הזה יופיע בתנאים מצומצמים יחסית.