ב-Shopify כל מחסן מוגדר כ-Location (מיקום) — אותה ישות משמשת גם חנות פיזית וגם מחסן לוגיסטי. לכל מיקום יש כמויות מלאי נפרדות, ניתן להגדיר ממנו מילוי הזמנות (fulfillment), ולהעביר מלאי בין מיקומים דרך Transfers. אם מותקנת אפליקציית 3PL חיצונית (מחסן לוגיסטיקה חיצוני), היא מופיעה אף היא כ-Location עם Fulfillment Service משלה.
בחנויות ישראליות עם מחסן מרכזי וכמה נקודות מכירה, חשוב להגדיר בכל Location אילו מוצרים "פעילים" שם — מוצר שלא שויך למיקום מסוים לא יוצג ולא יימכר ממנו. גם בהגדרות POS של שופיפיי, ציוד כמו סורק ברקוד ומגירת מזומן משויך לאותו Location ספציפי, אז כדאי לסיים את מפת המיקומים לפני שמגדירים ציוד.