היומן מתעד פעולות צוות (עריכת מוצר, שינוי מחיר, התקנת אפליקציה), פעולות מערכת (התראת חיוב כשלה, התראת אבטחה), ופעולות API (איזו אפליקציה קראה לאיזה endpoint). היומן זמין תחת Settings → Plan → Store details → Activity log, ומאפשר חיפוש לפי משתמש או סוג אירוע.
Shopify שומר את היומן ל-90 ימים בלבד ב-Basic ול-Advanced, ולשנה ב-Plus. במקרה שדרושה שמירה ארוכה יותר לטובת ביקורת אבטחה, אפליקציה ייעודית יכולה לשמר את הלוגים בשירות חיצוני (CloudWatch, Logflare).