מעבר ליומן הראשי של החנות, חלק מהאפליקציות שומרות יומנים פרטיים נוספים — Shopify Flow יומן הרצות, ספק שילוח יומן בקשות API, ועוד. בעת תקלה ב-Order routing או באוטומציה כדאי לחפש את היומן הרלוונטי לאפליקציה ולא רק לבדוק את היומן המרכזי של Shopify.
בחנות עם תפעול מורכב כדאי להגדיר מקור תיעוד יחיד (אגרגציה): מערכת חיצונית שמושכת את כל ה-Logs ומאפשרת חיפוש חוצה אפליקציות. אחרת כל אבחון תקלה דורש לפתוח 5–6 ממשקים.