ב-Shopify Plus עסקים יכולים להפעיל מספר חנויות תחת ארגון אחד: חנות לעברית, חנות לאנגלית, חנות B2B נפרדת, חנות לכל מותג בקבוצה. Organization Admin מאפשר לנהל את כולן ממקום אחד, להעביר משתמשים בין חנויות, ולקבל דיווחים מאוחדים.

בחנות ישראלית עם 2+ מותגים זה כלי חזק — אבל יקר. ההפרשי עלות בין Shopify Advanced לבין Plus היא $1,500+/חודש. רק כשמחזור החנויות מצדיק את ההשקעה. אחרת, חנויות בודדות עם תיוג טוב יכולות לעבוד גם.