ב-Shopify Plus יש Organization-level access (גישה ארגונית למספר חנויות) ו-Store-level access (גישה לחנות בודדת). Administrator store role הוא הרמה השנייה: עובד מקבל הרשאות מלאות בחנות מסוימת בלי לראות חנויות אחיות.
בחנויות Plus עם מספר מותגים (חנות לעברית, חנות לאנגלית, חנות B2B) הפרדת ההרשאות הזו מצמצמת סיכון. עובד שמטפל בחנות הישראלית לא רואה הזמנות של החנות האמריקאית. בשימוש סטנדרטי של Shopify Basic/Advanced התפקיד הזה לא קיים.