כאשר Shopify מנסה לגבות תשלום עבור מנוי חודשי, עמלות או חיובי שימוש — כגון עמלות Shopify Payments או חיובי אפליקציות — היא קודם כל פונה לאמצעי הראשי. אם החיוב נכשל (כרטיס פג תוקף, חריגה ממסגרת, דחייה של הבנק), Shopify תנסה לגבות מאמצעי הגיבוי אם הוא מוגדר ואם החשבון עומד בתנאי הגיבוי שלה.
לבעלי חנויות ישראליות שמשלמים ל-Shopify בכרטיס אשראי ישראלי — חשוב לדעת שכרטיסים נטענים מסוימים או כרטיסי דביט לא תמיד מאושרים כאמצעי גיבוי. מומלץ להגדיר כרטיס אשראי בינלאומי תקף כגיבוי, ולוודא שפרטיו מעודכנים, כדי למנוע השהיית חנות בגלל כשל חיוב לא מתוכנן.