בממשק האדמין של שופיפיי נמצא ב-Settings → Plan. התוכניות הסטנדרטיות (Basic, Shopify, Advanced) שונות בגובה עמלות העסקה, מספר חשבונות צוות, גישה לדוחות מתקדמים, ותנאי shipping. תוכנית Plus היא רובד נפרד עם תמחור חוזי, Checkout מותאם אישית מלא, ו-B2B מובנה.
בהקשר ישראלי, הבחירה בין תוכניות משפיעה ישירות על כדאיות השימוש ב-Shopify Payments (שאינו זמין בישראל נכון לכתיבה זו) מול ספק סליקה חיצוני — בגלל שבמקרה של ספק חיצוני Shopify גובה transaction fee נוסף מעל עמלת הסולק, וגובהו יורד ככל שהתוכנית גבוהה יותר. כדאי לחשב את השפעת העמלה על שולי הרווח לפני שבוחרים תוכנית.