חיובי Shopify מחולקים לכמה קטגוריות עיקריות: דמי המנוי החודשיים (Basic, Shopify, Advanced, Plus), עמלות עסקה על כל הזמנה (אחוז שיורד ככל שהפלאן גבוה יותר), חיובי Shopify Payments עבור סליקה, ותשלומים לאפליקציות צד שלישי — חד-פעמיים, חודשיים, או usage-based לפי שימוש. כל אלה מרוכזים בחשבונית אחת חודשית ב-Shopify Admin תחת Settings → Billing.
בחנות ישראלית החיובים מגיעים בדולר אמריקאי (USD) וגובים מכרטיס אשראי בינלאומי, מה שמוסיף עמלת המרת מטבע על ידי חברת האשראי. חשוב לעקוב אחר חיובי אפליקציות — אפליקציה שמותקנת ונשכחת ממשיכה לחייב. ניתן לראות פירוט מלא של כל חיוב עתידי דרך עמוד Billing ב-Admin לפני שהחיוב יורד בפועל.