זיכוי חיוב נוצר כאשר Shopify מחזירה כסף לחשבון הסוחר — לדוגמה בעקבות ביטול אפליקציה שחויבה מראש, תיקון חיוב שגוי, או מבצע פרסומי של Shopify. הזיכוי לא מועבר לכרטיס האשראי אוטומטית אלא נשאר ב"ארנק" הפנימי של חשבון הביטול, ומקוזז מהחשבונית הבאה שמתאימה לתנאים שנקבעו.
בחנות ישראלית חשוב לזכור שזיכוי חיוב מנוהל במטבע הדולרי (USD) גם אם החנות מציגה ש"ח ללקוחות — כי חיובי המנוי של Shopify עצמה נגבים תמיד בדולר. כדאי לעקוב אחרי יתרות זיכוי פתוחות ב-Shopify Admin תחת Settings → Billing → Credits כדי לוודא שהן לא פוקעות לפני שניצלתם אותן.