מסמך זיכוי נוצר בשופיפיי כשמבצעים refund (החזר כספי) על הזמנה קיימת. הוא משמש הוכחה חשבונאית שהחיוב המקורי הופחת בסכום מסוים, ומאפשר ליישב את הספרים בין מה שנחשב ברמת ההזמנה לבין מה שהוחזר בפועל ללקוח. בניגוד לביטול הזמנה שמוחק את ההזמנה כולה, מסמך זיכוי משאיר את ההזמנה המקורית בתיעוד ומוסיף עליה שורת הפחתה.
בחנות ישראלית מסמכי זיכוי הם קריטיים לעמידה בדרישות רשות המסים — כל החזר כספי שניתן ללקוח חייב להיות מתועד כנגד חשבונית המס המקורית. רוב אפליקציות ה-ERP וחשבוניות המס הישראליות (כגון חשבשבת, פריורטי, גרין-אינווייס) מאזינות לאירוע ה-webhook של החזר ב-Shopify ויוצרות אוטומטית מסמך זיכוי מול החשבונית המקורית.