כל אפליקציה שלא חינמית מנהלת את החיוב דרך Shopify (לא ישירות מהסוחר). הסוחר רואה את החיובים תחת Settings → Plan → App bills, ויכול לאשר חיובים חדשים, להתבונן בהיסטוריה, ולבטל. החיוב מסונכרן עם החיוב של החנות עצמה.

בחנות ישראלית כדאי לסקור את App bills פעם בחודש: אילו אפליקציות מחייבות כמה, האם כולן עדיין שימושיות, האם יש כפילויות (שתי אפליקציות שעושות אותו דבר). חנויות צוברות בקלות $100-$200/חודש באפליקציות בלי לשים לב — שווה לחתוך מה שלא משמש.