זיכויי חיוב ב-Shopify אינם החזר כספי ישיר לכרטיס האשראי — הם קרדיט שיושב בחשבון החנות ומופחת מהחיוב הבא. הם יכולים להיווצר ממספר מקורות: פיצוי שהונפק על ידי תמיכת שופיפיי בעקבות תקלה, זיכוי יחסי כשמשדרגים פלאן באמצע תקופת החיוב, או קרדיט מקידום שיווקי. ב-Admin הם מופיעים תחת Settings → Billing ולצד כל חיוב עתידי יוצג קיזוז אוטומטי.
בחנות ישראלית שמחויבת בדולרים, שינויי שער חליפין לא משפיעים על ערך הקרדיט — הוא נשמר בדולרים ומקוזז בדולרים. כדאי לבדוק את יתרת הזיכויים לפני שמבטלים פלאן או עוברים בין תוכניות, כי קרדיטים שנצברו עלולים לפוג או לא להיות ניתנים להעברה בין חשבונות.