במקום שאפליקציה תתחזק כרטיסי אשראי ומנויים בעצמה, Billing extensions מאפשרות לה להגדיר תוכניות תמחור (Pricing plans) דרך ה-Partner API ו-Admin API, ו-Shopify גובה את התשלום מהסוחר ביחד עם תשלום המנוי השוטף לשופיפיי. הסוחר רואה הכל בחשבון אחד, וחברת האפליקציה מקבלת תשלום (בניכוי עמלת Shopify) ישירות דרך Partner Dashboard.
בהקשר ישראלי חשוב לדעת שהחיוב מתבצע במטבע של חשבון השופיפיי (בדרך כלל דולר), גם אם החנות מוכרת בשקלים. סוחר שרוצה להבין מה הוא משלם על אפליקציה — כולל ה-revenue share של Shopify — צריך לבדוק את תיעוד ה-Billing API של האפליקציה ואת Partner Dashboard, כי החשבוניות לא תמיד מפרטות זאת בצורה ברורה.